研究院共有三个研发团队，分别为高校研发团队、科研院研发团队、企业研发团队。研究院的最高学术管理机构是专家委员会。专家委员会由从事煤化工、石油化工、能源工程、生物化工、工业催化、氢能源等领域的3名工程院院士、20名博士生导师和一批专家教授组成。研究院目前主要依托中国石油大学、天津大学、北京科技大学、北京化工大学、中国科学院成都有机化学有限公司、中石化广州工程公司，作为研究开发新能源、清洁能源技术以及工程化技术的技术平台，共享国家科研和人力资源，走产学研设资相结合之路。

　　十几年来，研究院坚持“立足国内、节约为先、煤为基础、多元发展”，致力于可替代、可再生新能源、清洁能源、绿色能源的研究开发与工程化产业化。研究开发、应用技术领域主要包括低比例M15车用甲醇汽油、高比例M85车用甲醇汽油、煤层气的勘探与开发、甲醇制汽油（Methanol to gasoline, MTG）、甲醇制烯烃(Methanol to olefin, MTO)、甲醇制芳烃（Methanol to aromatic hydrocarbons）甲醇制柴油（Methanol to diesel, MTD）、甲醇制低碳醇、催化裂化轻汽油甲醇醚化等。研究院自主研发的M15甲醇汽油和M85甲醇汽油已经在贵州省推广应用；甲醇制柴油技术已经完成了实验室试验、模试放大研究与千吨级工业试验并取得满意的结果。甲醇制柴油十六烷值改进剂（聚甲氧基二甲醚，简称DMMn）技术目前处于建设年产10～20万吨的工业示范装置和推广应用阶段。为以上技术的研发应用，研究院还肩负着为国家制定相关标准的责任，包括DMMn项目的两项标准，分别是：2014年国家能源局下达了《柴油调合组分  聚甲氧基二甲基醚》行业标准项目，计划编号：能源20140865；2015年7月国家能源局下达2015年度能源领域行业标准计划项目，D10标准（即掺烧标准）的计划编号：能源20150638。